经研究证实HCV基因组为一线状单股正链RNA病毒，属黄病毒属。由编码区、5'-非编码区和3'-非编码区组成。编码区区小事包括两部分，即结构区与非结构区。前者较保守，后者易发生变异。结构区分C区、M区和E区，相应的编码物分别是核心蛋白、基质和囊膜蛋白，由它们组成病毒颗粒。非结构区分别为NS1、NS2、NS3、NS4和NS5基因，相应编码物依次为NS1、NS2、NS3、NS4和NS5蛋白。其中NS1蛋白可能是可溶性补体结合抗原，NS3为HCV-RNA的螺旋酶，NS5为HCV-RNA指导的RNA多聚酶，故结构蛋白的主要功能是HCV的一个特点，以C基因最保守，5'-非编码区其次，E基因为高度可变区，编码的囊膜蛋白抗原性的变异使病毒逃避宿主的免疫作用。

　　HCV体外细胞培养尚未成功。主在肝细胞内复制。

　　HCV-RNA分型：国内报告我国HCV主要为Ⅱ型和Ⅰ型。Ⅱ型HCV的治疗效果差。对不同型HCV感染所引起不同的肝损伤和干扰素治疗反应等问题有待进一步研究。

　　既往认为HCV对肝细胞有直接损害作用。近年随着对丙型肝炎研究的不断深入，认识到丙型肝炎与乙型肝炎在许多方面类似，如转慢性、发展为肝硬化和肝细胞癌，尤其丙型肝炎也有慢性HCV携带者，因此，对HCV导致肝细胞损害的机制，大多倾向于免疫损害，即细胞毒性T细胞介导的细胞免疫反应起重要作用。

　　与乙型肝炎病变基本相同，仅病变部位与程度有差别。无特征性病理变化。