真菌感染在临床中较常见，感染人体的真菌部分来自外界环境，可通过接触、吸入或食入而致病，部分真菌可直接致病，而多数真菌在一定条件下致病，称为条件致病菌。
目前，对人类有致病性的真菌约有500多个种类，其中，由致病性真菌和机会致病性真菌引起感染，并出现临床症状者称为真菌病。
真菌感染种类繁多，浅部真菌感染率全球为20%~25%，深部真菌感染可局部暴发流行。但临床上常见的真菌感染多为侵袭性真菌感染，即真菌进入到体内组织，如皮下、黏膜、肌肉、脏器所引起的感染，占医院获得性感染的8%~15%，以念珠菌和曲霉菌为主。
侵袭性真菌感染好发于细胞免疫功能低下者，如艾滋病、恶性肿瘤、糖尿病、结核患者，以及大剂量使用糖皮质激素、器官移植患者。
部分真菌感染有一定传染性，可通过呼吸道、性行为、饮水、母婴等途径传播，医护人员也可能通过间接接触被污染的医疗器械而导致感染。
根据真菌入侵组织深浅及部位的不同，真菌感染在临床上可分为浅部真菌感染、深部真菌感染、机会性真菌感染、真菌毒素中毒症等，其中前两者最常见，具体如下。
浅部真菌感染指真菌侵犯人体皮肤、毛发和甲板引起的感染，主要病原体是皮肤癣菌，可引起头癣、体癣、股癣、手癣、足癣及甲真菌病等疾病，预后良好，及时治疗均可治愈。
深部真菌感染能侵犯人体皮下组织、黏膜、深部组织和内脏，甚至引起全身播散性感染，一般是在机体免疫力减退或菌群失调时才会引发疾病，肺和脑是最常受到侵犯的器官，如念珠菌、隐球菌、曲霉、镰刀菌及毛霉等，如不及时治疗，死亡率为30—90%，预后不良，可致畸、致癌、致死。
许多条件致病菌，如念珠菌、曲霉、毛霉、糠秕马拉色菌等在机体抵抗力低下时感染并发展繁殖，引起系统性感染。
真菌毒素慢性中毒可致癌，急性中毒可致死亡。
