NTM可侵犯全身许多脏器和组织，其中以肺部最为常见。肺外病变包括淋巴结、皮肤、软组织、骨骼等。

　　1.慢性肺病 慢性肺部疾病是非结核分枝杆菌感染最常见的临床类型，多数由鸟肿分枝杆菌(MAIC)复合体引起，其次是堪萨斯分枝杆菌、偶发分枝杆菌、脓肿分枝杆菌及蟾蜍分枝杆菌等。上述细菌引起的肺部病变与肺结核很相似，尤其是堪萨斯分枝杆菌。患者常有慢性阻塞性肺病、肺结核、矽肺、肺脓肿、支气管扩张、囊性纤维化、糖尿病、溃疡病及应用激素、免疫抑制剂的病史。男多于女，男性多发生于40～50岁的男性，常见于吸烟者、慢性阻塞性肺部疾病患者和酗酒者。症状有咳嗽、咳痰、咯血、胸痛、呼吸困难、低热、消瘦、乏力，但缺乏特异性，病情进展慢。也可发生全身症状，如发热、乏力、不适、盗汗、消瘦等，偶有咯血。X线胸片上病变多见于右上肺，显示浸润、空洞、结节、纤维干酪和广泛纤维收缩等多种病变。空洞发生率高达80%，是肺部病变的典型特点，呈单发或多发，胞内分枝杆菌引起的空洞多位于胸膜下，壁薄，周围渗出少。瘰疬分枝杆菌引起儿童的肺部病变，表现与原发型肺结核相似。MAIC感染可表现为弥漫性播散性病灶。NTM感染时，自病变初期到形成空洞常需2～4年。此外，很少发生胸膜反应渗出。肺部病变若持续发展可发生纤维化以致导致呼吸衰竭。

　　2.淋巴结炎 由NTM引起的淋巴结炎远比淋巴结核多见。颈淋巴结炎最常见，致病菌以鸟-胞内分枝杆菌、瘰疬分枝杆菌及海分枝杆菌多见。成年人如果无艾滋病病毒感染，很少发生此感染。多见于12岁以下儿童，以2～4岁儿童为主，0～5岁患儿占91%，发病率10倍于结核性淋巴结炎。患儿多有玩泥土、塘水习惯。病变位于颈部、颌下、腹股沟、肱骨内上踝、腋窝，淋巴结肿大，不疼，但可有触痛，进展缓慢。受累的淋巴结可能会迅速肿大、破溃形成引流性窦道。恶化与好转反复交替，最后以纤维化和钙化结局。

　　3.脑膜炎 常见于艾滋病、背部创伤及神经外科手术后患者。以鸟分枝杆菌、偶发分枝杆菌、瘰疬分枝杆菌及堪萨斯分枝杆菌引起者多见，其临床表现颇似结核性脑膜炎，但病死率较高，可有发热、呕吐、头痛、脑积水、抽搐、癫痫、瘫痪等症状。

　　4.皮肤和软组织感染 由海分枝杆菌感染，多见于游泳池，或海水中游泳者皮肤擦伤，如肘、膝、踝、指(趾)处皮肤，开始时为红褐色小丘疹、小结节或斑块，随后软化破溃成为浅表性溃疡，常可迁延数月乃至几年，但不会形成瘘管。偶尔病变沿淋巴管呈向心性发展，病变多呈自限性局部脓肿多由偶然分枝杆菌、龟分枝杆菌、脓肿分枝杆菌引起，多为医源性感染。溃疡分枝杆菌可引起Baimsdale溃疡(在澳大利里称Searl病，乌干达称Buruli溃疡)，表面覆盖黄色坏死物，周围皮肤隆起，色素沉着，后期机化形成瘢痕可致畸形。瘰疬分枝杆菌也可引起皮肤肉芽肿性结节，破溃伴瘘管形成，同时伴淋巴结肿大。堪萨斯分枝杆菌感染常可引起疣状或肉芽肿样丘疹及坏死性丘疹性脓疱等。偶有隆乳术后引发乳腺NTM感染。

　　5.骨骼系统病变 堪萨斯和鸟-胞内分枝杆菌可引起滑膜、滑囊、腱鞘、关节、手深部和腰椎病变和骨髓炎;土地分枝杆菌可引起滑膜炎和骨髓炎;次要分枝杆菌可致化脓性关节炎，而偶然分枝杆菌和龟分枝杆菌常致牙齿感染。常由伤口接触土壤、水而感染。

　　6.血源性播散性分枝杆菌病 几乎只发生于艾滋病患者，也可见于严重细胞免疫抑制者，如血液系统恶性肿瘤或同时接受肾上腺糖皮质激素治疗患者。致病菌多为鸟-胞内分枝杆菌，其次为堪萨斯分枝杆菌及瘰疬分枝杆菌。其临床特点是病程长而有起伏，可累及各系统器官，对抗结核药物耐药，预后差，病死率高。肺部病变表现为炎性改变，其中1/4呈粟粒样改变，也可出现肝脾肿大。其临床表现及体征包括：贫血、发热、盗汗、消瘦。瘰疬分枝杆菌和鸟-胞内分枝杆菌可引起全身性淋巴结肿大，其组织学酷似结节病。鸟-胞内分枝杆菌还可引起广泛性腹腔内感染，包括肠系膜、腹膜后淋巴结和内脏弥漫性粟粒性病变等。

　　7.其他部位感染 尚有MAIC引起泌尿、生殖系统感染;偶发分枝杆菌引起眼部感染;林达分枝杆菌(M.linda)引起胃肠道感染;副结核分枝杆菌和斑尾林鸽分枝杆菌(M.wood pigeon)与克罗恩病有关。

　　医院感染是NTM传播的重要途径，近年来我国已对NTM引起医院内感染的重视，卫生部办公厅更是在2010年5月颁布了一份关于加强非结核分枝杆菌医院感染预防与控制工作的通知，要求医疗机构加强对NTM 的预防和检测。医院感染常见致病菌为快速生长的龟分枝杆菌、脓肿分枝杆菌所引起。主要发生于手术污染、介入治疗污染、插管污染、人工透析污染及心脏体外循环污染等情况下引起的感染。医院感染的特点为发病人数多、发病率高、潜伏期长。

　　非结核性分枝杆菌病的诊断有赖于临床、X线和细菌培养及菌种鉴定，尤其是后者为确诊的主要依据。常用的检查方法有：痰液标本涂片抗酸染色、痰液培养、分子生物学检查、活组织检查等。具有以下条件之一者为NTM病可疑者，须进行NTM检查：①经近规抗结核治疗无效的结核患者或标本涂片抗酸染色仍阳性者。②标本涂片抗酸杆菌阳性而临床表现与结核病不符者。③标本分枝杆菌培养阳性，但菌落状态、生长情况与结核杆菌复合群不同者。④显微镜检查有异常的分枝杆菌。⑤初治结核患者首次分离的分枝杆菌对抗结核药物耐药。⑥有免疫缺陷症、白血病、肿瘤而长期应用免疫抑制剂、糖尿病等已排除结核病的肺部感染。⑦医源性或非医源性软组织损伤、手术后伤口长期不愈找不到原因者。