潜伏期从1周至6个月不等，一般认为是2周至6周。表现为皮肤表面有蜡样光泽的硬质的半球形丘疹，直径通常为2至5毫米，表面有光泽，中央有凹陷，挤破表皮可能会有奶酪样物质，一般没有瘙痒和疼痛等症状。
传染性软疣可出现在除手掌和脚底以外的任何皮肤部位，最常见的部位是躯干、腋窝、肘窝、腘窝和大腿根部内侧皱褶。性传播相关的传染性软疣通常位于腹股沟、生殖器、大腿根部和下腹部。
皮损刚开始是肤色的小丘疹，后逐渐增大，成为半球形的丘疹，质地偏硬，直径3至5毫米。丘疹表面有蜡样光泽，中央有凹陷，挤破后可能有奶酪样物质（即软疣小体）。
数目不定，可以一个、数十个甚至上百个，相邻的病变不相互融合。HIV感染人群和其他免疫功能低下人群的病变较大（即巨型软疣）且分布面积广。
患者一般没有自觉症状，有时有轻微的痒感，部分患者可以并发湿疹样皮疹。
