子宫内膜异位症的症状与月经周期密切相关，患者多表现为逐渐加重的继发性痛经（不是月经初潮时就有的痛经），约25%的患者没有任何症状。
痛经是子宫内膜异位症的主要症状，表现为继发性痛经，且随着病情的进展而逐渐加重。
典型的痛经多于月经开始前1～2天出现，月经第1天最严重，以后逐渐减轻，可持续整个经期。疼痛部位多为下腹深部和腰骶部，有时可放射至会阴、肛门或大腿。
部分患者可有经量增多、经期延长、月经淋漓不尽或月经前点滴出血等症状。
内异症患者不孕率高达40%，其机制不明，可能与盆腔免疫微环境改变等因素相关。
一般表现为深部性交痛，月经来潮前性交疼痛更明显。
卵巢子宫内膜异位囊肿可随着经期囊内压力增大而出现破裂。多次出现的小的破裂，可造成一过性的下腹部或盆腔深部疼痛。 如较大的囊肿出现破裂，囊内液体流入盆腹腔可引起突发性剧烈腹痛，伴恶心、呕吐和肛门坠胀感。
囊肿破裂多发生在经期前后或经期，部分可发生在排卵期，破裂前多有性生活或其他腹压增加的情况。
盆腔外任何部位有异位内膜种植生长时，均可在局部出现周期性疼痛、出血和肿块，并出现相应症状。
患者可于经期出现腹痛、腹泻或便秘，甚至有周期性少量便血。严重者可因肿块压迫肠腔而出现肠梗阻症状。
可在经期出现排尿疼痛和排尿频繁。
异位内膜侵犯和压迫输尿管时，可出现一侧腰痛和血尿。
可出现经期咯血及气胸。
患者常在剖宫产或会阴侧切术后（多在数月至数年），出现瘢痕处周期性疼痛和包块，并随着时间的延长而加重。
