SPA系一组疾病，根据前述的各自临床特点可以相互鉴别。但在临床表现不典型时，鉴别仍较困难。此外，SPA尚需与非SPA各种累及脊柱、关节的疾病进行鉴别。此外尚需与致密性骨炎、弥漫性特发性骨肥厚(diffuse idiopaehic skeleta hyperosteosis,DISH)、机械性损伤或退行性下背部疼痛性疾病鉴别。致密性骨炎几乎均见于生育后女性，骶骼关节一侧受累，关节间隙不消失，临床症状较轻。DISH多见于中老年人，男性多见。多表现为脊柱及周围关节的疼痛和僵硬，但脊柱活动很少受累。约半数伴有糖尿病。本病X线表现严重而临床表现相对较轻。机械性损伤及退行性下背痛多与活动有关，而AS活动后僵痛减轻。Reiter综合征表现为肢体单关节肿痛时，需与类风湿关节炎、细菌性关节炎、痛风性关节炎相鉴别。关节滑液检查发现致病菌或尿酸盐结晶分别为细菌性关节炎、痛风性关节炎的特征。银屑病的皮损及甲部病变有助于银屑病关节炎的诊断及鉴别诊断，但也有一些患者，尤其是儿童，关节病变可早于银屑病皮损及甲部病变，此时一段时间的临床随访观察显得尤为重要。