主要与细菌性痢疾、病毒性肠炎，霍乱，肠阿米巴等相鉴别。
肠壁水肿增厚:皮肌炎时小肠有不同程度的扩张及分节变化、伴低动力和通过时间延长。肉眼可见肠壁水肿、增厚。镜检示多处粘膜糜烂、粘膜下层水肿、肌层萎缩和纤维化伴淋巴及浆细胞浸润。肠管粘膜下层至浆膜层小动脉、小静脉内膜增厚易有血栓形成及管腔闭塞。
肠壁纤维化:回盲部血吸虫病性肉芽肿是血吸虫卵经肠壁中破裂的小静脉潜心入血管周围的肠壁组织中，尤其是粘膜下层。虫卵在肠壁内引起白细胞浸润，假性结节形成，纤维组织增生，晚期肠壁纤维化增厚，粘膜增殖形成肉芽肿。
肠壁坏死:由于蛔虫团、胆石、粪便或其他异物等肠内容堵塞肠腔，称肠堵塞，是一种单纯性机 械性肠梗阻。较多见的是蛔虫结聚成团并引起局部肠管痉挛而致肠腔堵塞。最多见于儿童，农村发病率较高。临床表现为脐周围阵发性腹痛和呕吐，可有便蛔虫或吐蛔虫的病史。
1.硬皮病患者临床可有腹部不适、腹胀、食后腹鸣、食欲减退、恶心、呕吐以及间断性腹泻便秘交替等肠道功能失调表现。
2.皮肌炎时小肠有不同程度的扩张及分节变化、伴低动力和通过时间延长。肉眼可见肠壁水肿、增厚。
3.系统性红斑狼疮的肠道损害主要是血管炎的结果，常见胃肠道症状包括腹痛、食欲不振、恶心、呕吐。少见腹泻、黑粪，偶见肠梗阻。少数患者有绒毛萎缩，伴发小肠吸收不蛋白丢失性肠病、局限性肠炎、非特异性溃疡性结肠炎、急性阑尾炎等。
4.结节性多动脉炎 肠道症状很常见，肠道局部缺血时，出现腹痛、恶呕吐或腹泻。病变血管闭塞可引起肠溃疡、梗死、穿孔。有时临床症状酷似局限性肠炎或非特异性溃疡性结肠炎。
