主要与急性菌痢及急性肠炎等腹泻患者偶尔出现的大便失控相鉴别，但这些患者的大便多数情况下能随意控制，并且患者多有腹痛及脓血便或水样便，经对症治疗后，随着腹泻症状的缓解、大便成形，而偶发的大便失禁消失。大便失禁主要是病因之间的鉴别，包括神经障碍和损伤、肌肉功能障碍和受损、先天性疾病等。
本病的诊断通过病史分析，包括症状表现以及原发病因的临床分析，初步可以成立。视诊检查可见肛门处有原手术或外伤疤痕畸形，有粪便沾染现象。肛指检查见肛管松弛或括约肌收缩功能差等，临床诊断可以确立。原发病因在神经系统和结肠者，要通过神经系检查钡剂灌肠和内窥镜检查等来确立。近年来对肛肠功能检查有一些新的进展，包括肌电描记可见到肌肉张力异常，肛门反射潜伏期加长，肛门皮肤反射和直肠膨胀正常反射消失等。肛直肠腔内气囊测压描记可见到压力图异常。排粪X线造影可见到肛管直肠角消失等，这些检查有助于区分病变、病因和制定合适的治疗方法。
1.病史 询问有无先天性肛门畸形、手术、外伤史，女性患者有无产伤史，有无神经系统及泌尿系统的疾病，是否接受过放射治疗;目前失禁的严重程度，排便次数及粪便性质，有无便意感等。
2.体格检查 通过直肠指诊、内镜检查、排粪造影、肌电图测定等，达到3个目的：①判断有无肛门失禁，如肛门有缺损、肛门括约肌闭合不紧、肛周皮肤有湿疹等可提供肛门失禁的依据。②判断失禁程度：如完全性失禁可见肛门张开呈圆形，用手牵开臀部，可见直肠腔;直肠指诊，肛管括约肌及肛管直肠环收缩不明显特别严重呈完全消失。不完全性失禁则见肛门闭合不紧，直肠指诊扪及括约肌收缩减弱。③判断失禁原因：如外伤性失禁，直肠指诊可扪及瘢痕组织;随意肌损伤，盆底肌电图异常等。
