一旦发现菌尿，无论有无症状，都必须在医生指导下使用有效抗生素及早治疗。选择的抗生素不仅要有良好的杀菌、抑菌作用，还要对肾脏的毒性小，尤其重要的是要对胎儿无不良反应。因此，孕妇不能自已选择抗生素，应听从医嘱。需要注意的是，由于怀孕期间药代动力学的改变，抗生素可能不能发挥预期的良好效果。因此，在怀孕期间患过急性肾盂肾炎，单剂治疗失败的无症状性菌尿患者，或有少见病原菌感染的患者，分娩后还需要进一步随防，必要时可作影像学方面的检查，以排除尿路结构和功能的异常。
预防孕期菌尿的几点措施：
养成多饮水、勤排尿的习惯。
注意阴部清洁，早晚用温开水清洗外阴。
选用质地柔软、透气的纯棉布料内裤。
经常改变卧位姿势，以减少扩大的子宫对输尿管的压迫。
怀孕期性交后要及时排尿，并可预防性口服一剂抗生素。
预防尿路感染除注意营养和锻炼身体外，尚需注意多饮水，饮玉米须、茅根水效果更佳;每天清洗外阴，性生活后排尿一次，以冲洗和清洁尿道。医生应尽量避免使用尿路器械，如有必要留置尿管，应在最初3天宜口服抗生素。
关于抗感染治疗无症状性菌尿后能显著改善预后的研究资料还非常有限。由于抗菌药物耐药性的增加，目前比较倾向于不治疗无症状性菌尿，除非获得患者能从中获益的证据。妊娠女性应该在妊娠前3个月进行无症状性菌尿的筛查，如为阳性，则有必要治疗。而合并糖尿病、老年人、留置导尿管及脊髓损伤的患者似乎并不能从无症状性菌尿的治疗中获益。
