阿米巴肠病的诊断需综合流行病学资料、临床表现、实验室检查、肠镜检查等结果综合分析后得出。其中，如实验室检查发现粪便中有阿米巴滋养体和/或包囊，可确诊。
发病前有不洁食物史或与慢性腹泻患者密切接触史。
起病较缓慢，主要表现为腹痛、腹泻，每天排暗红色果酱样粪便3~10次，每次粪便量较多，有腥臭味浓。患者常无发热或仅有低热，常无里急后重感，但腹胀、腹痛、右下腹压痛常较明显，肠鸣音亢进。
粪便中可检测到阿米巴滋养体和包囊。在血清中可检出抗溶组织阿米巴滋养体的抗体。粪便中可检出溶组织内阿米巴滋养体抗原与特异性DNA。
可见大小不等的散在潜形溃疡、边缘略隆起、红晕、溃疡间黏膜大多正常。自溃疡面刮取标本镜检，可能发现病原体。
对肠道狭窄、阿米巴瘤有一定价值。
本病呈急性起病，以发热、腹痛、腹泻、里急后重及黏液脓血便为特征，粪便中有大量红细胞、白细胞，并有脓细胞。培养有痢疾杆菌生长可以鉴别。
有不洁食物进食史，同食者常同时或先后发病，潜伏期较短，多为数小时。剩余食物、呕吐物或排泄物培养可有致病菌生长可以鉴别。
有疫水接触史。急性血吸虫病有发热、尾蚴皮炎、腹痛、肝大，每天排便10次以下，粪便稀薄。血中白细胞总数及嗜酸性粒细胞显著增多。血吸虫抗原或抗体检测阳性可以鉴别。
长期低热、盗汗、消瘦，带黏液而少脓血，腹泻与便秘交替，大多数患者有原发结核灶存在。
直肠癌常有腹泻，每天排便次数多，每次量少，带黏液、血液，肛门指检有助于鉴别。左侧结肠癌常有排便习惯改变，粪便变细。右侧结肠癌有不规则发热，进行性贫血、排便不畅，晚期可触及包块。结肠镜检查有助于诊断。
临床表现相似，但粪便多次病原学检查阴性，血清阿米巴抗体阴性，病原治疗无效时考虑本病，结肠镜有助于诊断。
