1.局部治疗
对于局限性皮肤、皮下的损害以及
角膜炎和
鼻窦炎宜手术切除，但要完整，避免再次植入菌体。此外，也可以应用局部加热疗法。
掌黑斑外用抗真菌药常可见效，角质溶解剂（如10%硫磺霜、6%水杨酸、12%苯甲酸软膏或酊剂）也可应用。黑毛
结节病常用治疗方法为将毛发剃光或每天清洗毛发，用手刮去结节，再用一些抗真菌剂即可治愈。亦可用含酮康唑和二硫化硒的药液洗涤病发。
2.全身治疗
适用于系统性损害、手术无法切除的病例。大多对抗真菌药物不敏感，疗效欠佳，需要长期、大量服药。
对外瓶霉引起的感染，氟胞嘧啶、氟康唑和两性霉素B效果较好。毛样枝孢霉感染仅对氟胞嘧啶较敏感，可与两性霉素B合用。伊曲康唑，持续12个月以上，可能有希望治疗非手术切除的暗色丝孢霉病。
