1.急性菌痢普通型主要应与感染性腹泻相鉴别，包括沙门菌肠炎、空肠弯曲菌肠炎、致病性大肠杆菌肠炎等，大便培养应有相应的致病菌;

　　2.急性中毒型菌痢应与高热惊厥、乙型脑炎和失水性休克相鉴别;

　　3.慢性菌痢应与慢性非特异性溃疡性结肠炎、慢性阿米巴痢疾和结肠癌相鉴别;阿米巴痢疾一般全身中毒症状轻，粪便呈暗红色果酱样，镜检可见阿米巴滋养体或包含体，可供鉴别;

　　4.与急性肠炎相鉴别

　　一般无里急后重感，常有进食不当或饮食不洁史，大便培养无痢疾杆菌生长;

　　5.与急性坏死性肠炎相鉴别

　　主要有血便，镜检血红细胞为主、白细胞较少，血培养无致病菌生长;

　　6.与流行性乙型脑炎相鉴别

　　一般可与中毒性菌痢症状相似，但乙脑患者脑脊液检查可有细胞增加和蛋白质改变，粪便检查正常。