《急性上呼吸道感染基层诊疗指南（2018年）》明确表示，根据患者具有身体过度疲劳或者受凉等诱因，出现咽部或口腔黏膜疱疹、咳嗽、发热寒战、咽喉疼痛等症状，以及颌下淋巴结肿大、压痛等相应体征，结合外周血常规检查结果，做出临床诊断。
病毒性咽炎与流行性感冒、细菌引起的上呼吸道感染有相似之处，医生会从多个方面进行鉴别。
疾病累及全身，症状较重，传染性强，具有畏寒、高热、全身酸痛等症状，部分可有恶心、呕吐、腹泻等消化症状。可通过病毒抗体检测，病毒分离鉴别。
细菌引起的上呼吸道感染也会出现咳嗽、咽部疼痛的症状，多伴有急性鼻窦炎或急性扁桃体炎，血常规检查发现白细胞尤其是中性粒细胞增高。
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