膀胱鳞状细胞癌浸润性极强，生长迅速，转移早，主要治疗方式为手术治疗，手术是提高患者生存率的主要手段，此外适当的放疗和化疗也必不可少。
手术首选根治性膀胱切除术（膀胱全切术），对病灶局限或身体状况不适宜行膀胱全切术的患者也可以考虑行膀胱部分切除术，对伴有转移的患者应采取以化疗为主的综合治疗。
化疗主要适用于已经发生肿瘤转移的患者，或配合手术。主要药物包括顺铂、卡铂、阿霉素、表阿霉素、氨甲喋呤、丝裂霉素、长春花碱、环磷酰胺等，通常使用联合用药的方案。
单药治疗可能具有一定疗效，有效率在20%左右，但疗效时间很短暂。
单独放疗治疗效果不理想，有研究认为术前放疗可改善患者术后生存情况。
膀胱鳞癌最有效的治疗方法是根治性膀胱切除术，术中清扫盆腔淋巴结，并行尿流改道术（如回肠膀胱术）。
根据术后病理可确切了解肿瘤恶性程度、侵犯深度、有无淋巴结转移、淋巴结转移数量等信息，可以指导下一步的治疗。
对病灶局限或身体状况不适宜行膀胱全切术的患者也可以考虑行膀胱部分切除术，但需严格掌握其适应证。
由于癌肿呈浸润性生长，膀胱切除范围应超过肿瘤边缘3cm以上，并严格实行无瘤原则，避免挤压肿瘤以防止肿瘤细胞种植转移，手术后可辅以膀胱内灌注化疗药物或卡介苗等预防局部复发。
