龟头炎与多种因素有关，主要有感染性因素和非感染因素，各种外界刺激或自身免疫系统过度反应，都可能造成龟头炎。
由病原体感染造成的龟头炎最为常见，因为阴茎包皮温暖、潮湿，是病原微生物生长和繁殖的理想场所，部分病原体还可通过性接触等方式传播。
龟头炎发生与个人卫生也密切相关，卫生条件差、频繁清洗等都会诱发龟头炎。
龟头炎的病因主要包括感染性因素、非感染性因素、部分过敏反应及自身免疫性皮肤病等。
正常情况下包皮囊内可寄生大量的细菌、真菌等微生物，而在局部或全身抵抗力减弱时，这些微生物就可以致病。
此外，部分病原体还可通过性接触等方式进行传播，常见的龟头炎感染性病原体包括：念珠菌、厌氧菌（如阴道加德纳菌）、需氧菌（如链球菌属、金黄色葡萄球菌）、阴道毛滴虫、梅毒病原体、单纯疱疹病毒、人乳头瘤病毒、生殖器支原体等。
尿液、碱性物质（如肥皂）和外来物质（如避孕套）的刺激，过敏反应，摩擦和创伤，包皮过长清洁不够导致包皮垢堆积等，都可造成对龟头包皮黏膜的损害，加重各种病原菌的感染。
过敏反应和自身免疫性皮肤病也可能造成龟头炎症状，如银屑病导致的龟头炎、Reiter病导致的龟头炎、固定性药疹导致的龟头炎等。
另有少部分龟头炎属于癌前病变，如增殖性红斑、鲍恩病、鲍恩样丘疹病也有龟头炎的表现。
