治疗目的为控制现有症状、防治重要脏器损害、减缓疾病进展。
药物治疗主要包括非甾体类抗炎药、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂等。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
控制口、咽部、生殖器部的感染，有感染的病人进行抗感染治疗。
口腔溃疡可局部用糖皮质激素膏、冰硼散等，生殖器溃疡用1:5000高锰酸钾清洗后加用抗生素软膏；眼结膜炎、角膜炎可应用糖皮质激素眼膏或滴眼液。
常用药物包括布洛芬、双氯芬酸、洛索洛芬、塞来昔布、依托考昔、美洛昔康等，功效是消炎镇痛。可用于关节炎、发热、溃疡疼痛患者。
少数患者会出现恶心、呕吐、消化不良、头痛、耳鸣等症状，可出现肝肾功能及血液系统损害等不良反应，孕妇及哺乳期妇女禁用，服药期间不能喝酒或含有酒精的饮料。
可抑制中性粒细胞趋化，对关节病变、结节红斑、口腔和生殖器溃疡、眼色素膜炎均有一定的治疗作用。应注意肝、肾损害、粒细胞减少等不良反应。
抗炎、调节免疫、抑制血管生成，用于治疗严重的口腔、生殖器溃疡，也可治疗皮肤病变及消化道溃疡。妊娠妇女禁用, 以免引起胎儿畸形, 另外有引起神经轴索变性的副作用。
主要包括泼尼松，甲泼尼龙。对控制急性症状有效，单纯皮肤黏膜受累患者应局部使用激素，而有脏器受累者需全身使用激素。长期应用糖皮质激素可能有胃溃疡、满月脸、骨质疏松等多系统不良反应。
主要有硫唑嘌呤、甲氨蝶呤、环磷酰胺、环孢素等，此类药物在使用期间应定期复查血常规和肝肾功能等。
可抑制口腔、眼部病变和关节炎, 但停药后容易复发。
用于治疗神经系统、皮肤黏膜等病变。不良反应有骨髓抑制、肝损害及消化道症状等。
适用于严重眼炎、中枢神经系统损害严重血管炎。使用时大量饮水, 避免出血性膀胱炎的发生。
适用于顽固性眼炎。
适用于眼炎、黏膜溃疡。
主要有α干扰素、肿瘤坏死因子抑制剂、白介素6拮抗剂等。
用于脏器受累患者，如难治性或复发性眼炎、神经白塞、血管白塞及消化道溃疡。
抗血小板药物、抗凝药物等。
对于动脉瘤有破裂风险、有严重瓣膜受累影响心脏功能或严重血管狭窄的患者，医生会考虑进行手术治疗。
该疾病的中医治疗暂无循证医学证据支持，但一些中医治疗方法或药物可缓解症状，建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
新型生物制剂及小分子靶向药物如阿普斯特（磷酸二酯酶PDE4抑制剂）。
