全垂体功能减迟症还必须和一系列其他疾病相鉴别，其中有：神经性厌食、慢性肝病以及营养不良性肌强直。神经性厌食(一般见之于女性)的临床征象往往具有诊断意义。这些征象包括恶病质、对食物和身体形象具有异常的意念以及虽然经闭但仍保持其第二性征。一般说来，患有神经性厌食的病人的GH和皮质醇的基础水平也易增高的。因为下丘脑病损能够扰乱控制食欲的中枢，所以对疑诊病人中进行蝶鞍X线检查也不是毫无道理的。(另见“神经性厌食”)。患有酒精性肝病或血色素沉着症的男子，只要其睾丸萎缩伴有全身无力，便往往被怀疑为垂体功能减退症。但是在绝大多数场合，利用实验室试验是可以识别其基础性的原发疾病，也能够排除垂体功能减退症。思这些疾病的病人死后做尸体解剖时很少能够见到其有过广泛的垂体功能失调的形态学证据。营养不良性肌强直患者的主诉是进行性肌无力，过早的秃顶和白内障以及足以说明早衰的脸部征象：男子可能出现睾丸萎缩。内分泌检验可以排除垂体功能减退症。