等孢球虫感染可持续数周乃至数年，大多症状轻微。腹泻为其主要症状，大便以黏液便多见，嗜酸性粒细胞常大量存在，但中性粒细胞则罕见。腹泻一天数次，但也有报告每天达二十余次持续3～4天，周期性发作达数月之久。此外，患者常有腹部绞痛、发热、恶心、呕吐、食欲减退、体重下降等。少数患者有小肠吸收不良，特别是脂肪吸收不良，大便中含有粗大的脂肪颗粒。国外“志愿者”实验感染或实验室工作人员意外感染者中，症状以腹部不适、低热、腹泻多见。腹泻始于感染后1周，持续5～10天即可自愈，但大便中卵囊排出可继续10～20天。本病存在无症状带虫者，但由于大便中卵囊常被遗漏，准确的无症状带虫者数量无法确定。

　　本病确诊有赖于大便中发现等孢球虫卵囊。取新鲜大便并经硫酸锌漂浮浓集后镜检可以提高卵囊检出率。等孢子球虫卵囊透明度较高，在直接涂片中很容易遗漏，此时可将显微镜光圈缩小直至涂片中其他原虫或细菌轮廓清晰，有助鉴别。鉴别时主要依据为卵囊大小，子孢子数目，子孢子周围是否存在孢子囊等。除大便检查以外，小肠黏膜活检和肠内容物检查，也可能发现等孢子球虫发育的各期形态。十二指肠引流液检查，部分患者亦可获阳性结果。