不同类型的鼓膜穿孔治疗原则不同。中耳炎鼓膜穿孔的治疗通常以控制感染为主。外伤性鼓膜穿孔通常可以自愈，一般无需特殊处理，若穿孔较大或长期无愈合迹象，考虑手术修补或贴片治疗。
鼓膜破裂引起疼痛时，可服用非处方止痛药缓解症状，如布洛芬或对乙酰氨基酚。保持耳部温暖，避免接触冷空气刺激、以及耳内进水。
以控制感染，通畅引流，祛除病因为其治疗原则。对于全身症状重者予以补液等支持治疗。此类型患者儿童居多，当小儿呕吐、腹泻时，应注意补液，并注意纠正电解质紊乱。
用酒精擦外耳道消毒，清除外耳道内存留的异物、凝血块，并在耳道口放置消毒棉球，保持耳道内清洁干燥，不要进水。穿孔愈合之前避免游泳等一切可能让耳道进水的活动。同时注意预防感冒，切勿用力擤鼻涕。小的穿孔如果无继发感染一般3~4个月内可以自行愈合，穿孔较大或长期不能自行愈合的患者可考虑贴片治疗或手术修补。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
可服用青霉素、头孢菌素等抗生素控制感染。除此外可先用3%过氧化氢溶液或硼酸水彻底清洗外耳道脓液，然后拭干。之后可选用无耳毒性抗生素滴耳剂滴入耳道，如：0.3%氧氟沙星滴耳液、利福平滴耳液等。当脓液已减少，炎症逐渐消退时，可用甘油或酒精制剂滴耳，如3%硼酸甘油、3%硼酸酒精等。
严禁滴液冲洗，以防继发感染。
一般鼓膜穿孔长期不愈合或穿孔较大患者都应及时行手术修复，最常见的手术为鼓室成形术。合并慢性鼻炎和鼻窦炎患者，应在手术前治疗鼻及鼻窦的炎症。手术比较简单，成功率在95%以上。
理想的鼓膜成形术应根据鼓膜穿孔的大小、位置和外耳道的宽窄、曲直，结合术者的经验，灵活选择不同的手术方法及修补材料，这样才能最大程度地做到个体化的治疗。常见的移植材料有颞肌筋膜、脂肪、软骨膜和软骨等。对于较小的鼓膜穿孔可采取烧灼法刺激鼓膜生长，对于较大的鼓膜穿孔可行手术开刀。
由于鼓膜修补术是在耳道内进行的，可能会造成外耳道损伤，最终演变为外耳道狭窄或外耳道粘连；当鼓膜穿孔较大时，手术可能会造成中耳粘连。
鼓膜修补术后还可能会造成内耳损害，表现为术后或术后几天出现听力丧失情况，原因不明，但这种情况一般较为罕见。
补片治疗：对于较大穿孔患者，医生可在显微镜下通过器械无菌操作，将翻入鼓室内的鼓膜残缘复位，表面贴无菌纸片以促进愈合，贴片上浸有刺激鼓膜生长的药物，如表皮生长因子等，但通常一次补片治疗不能完全愈合，一般需要数次鼓膜才能愈合。
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