1、母体因素：

（1）药物：母亲孕期尤其是孕早期使用某些药物与儿童先心病发病有关。如避孕药、阿司匹林等解热镇痛药、抗惊厥药、锂、磺胺类药、外源性雌激素、青霉素衍生物、治疗不孕的药物、香豆素类诱导药等。

（2）感染：某些病原体可以通过胎盘感染胎儿，如弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、微小病毒B19等，若母体感染可能导致胎儿畸形、先心病。

（3）母体本身导致先心病的病因学因素：母亲患糖尿病、系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、苯丙酮尿症与胎儿先心病有关。

（4）接触有害物质：怀孕早期接触有害物质，如油漆、涂料、农药是胎儿形成畸形的危险因素。

2、遗传因素：

（1）染色体异常：有研究显示，肺动脉闭锁患者常有染色体数量异常或基因片段缺失、重复。

（3）基因突变：先心病与单基因突变有着密切联系，可引起心脏的发育不全或者心脏病的出现。

（3）表观遗传变异：表观遗传是指非DNA序列变异引起的表型改变，而这种表型改变可遗传。

3、其他因素

辅助生殖技术：通过辅助生殖技术受孕的胎儿可因早期胎盘功能障碍而引发先心病。