睾丸萎缩的诊断依据比较明确，一般通过询问病史，结合体征和相关辅助检查即可确诊。如有先天性睾丸异位或遗传性疾病史，有腮腺炎性睾丸炎、隐睾、精索静脉曲张病史或手术损伤睾丸情况，出现一侧或两侧睾丸体积缩小体征，睾丸功能下降，病理发现睾丸生精上皮和间质细胞发育障碍等，即可诊断为睾丸萎缩。
需要将无睾症与睾丸萎缩进行鉴别，因为二者均有睾丸发育异常的表现。无睾症是一种先天性睾丸病变，是指单纯性睾丸缺如，常伴有附睾、输精管缺如。而睾丸萎缩可能是先天造成，也有可能是后天因素导致，表现为睾丸体积缩小，可通过查体、询问病史及B超等鉴别两者。
