细菌性巩膜炎患者多伴有机体免疫功能失调，而使处理棘手。在明确诊断后，根据巩膜或角巩膜缘组织刮片染色的细菌类型及时而正确地使用抗生素是治疗本病成败的关键。若有角巩膜炎，应积极长期进行治疗。急性期用高浓度的抗生素滴眼液频繁点眼，每15～30分钟1次，病情控制后减少滴眼次数。严重病例酌情口服、结膜下注射或静脉注射抗生素。在细菌培养和药物敏感试验结果出来之前，若肾功能良好，可选用万古霉素(vancomycin)，滴眼液50mg/ml，结膜下注射25mg，静脉滴注2g/d，分2次用；或广谱半合成青霉素类磺苄西林(sulbenicillin)滴眼液1%～2%，结膜下注射5～10mg，静脉滴注4～8g，分2次用；羧苄西林(carbenicillin)滴眼液1%～4%，结膜下注射50～100mg，静脉滴注10～20g/d；哌拉西林(piperacillin)滴眼液1%，结膜下注射5～10mg，静脉滴注2～4g；或第二代头孢菌素联合使用氨基糖苷类抗生素阿米卡星(amikacin)滴眼液0.5%，结膜下注射25mg，静脉滴注400mg；妥布霉素(tobramycin)滴眼液0.3%～0.5%，结膜下注射20mg，静脉注射3～7mg(kg·d)，以提高疗效。另外也可考虑喹诺酮类的环丙沙星(ciprofloxacin)、氧氟沙星(ofloxacin)、洛美沙星(lomefloxacin)滴眼液0.3%，滴注0.1%溶液与上述药物交替联合使用也有效。一旦培养确定了细菌的种类，根据药敏试验，及时调整选择敏感抗生素。对确诊为假单孢菌性巩膜炎患者，因该菌对多数抗生素不敏感，有天然耐药性，可选用对假单孢菌大都敏感的羧苄、磺苄、哌拉西林。第三代头孢菌素，如头孢哌酮(cefoperzone)、头孢他定(ceftazidime)等。目前推崇的给药途径是频繁的点眼加结膜下注射和肌内注射或静脉滴注。近年来有并用抗绿脓杆菌蛋白(pyocyanbulin)治疗铜绿假单胞菌性巩膜炎取得较好疗效的报道。

坏死性前巩膜炎或弥漫性和结节性前巩膜炎，在感染病原体确定、已经使用敏感抗生素几天后，炎症得到了控制或组织病理学显示微血管炎症，在无禁忌证的前提下，可有限度地给予糖皮质激素，用于减轻症状，利于炎症控制。糖皮质激素一般局部0.1%地塞米松(dexamethasone)4～6次/d滴眼。全身用药以泼尼松(prednisone)口服为宜，60～80mg/d，上午7∶00～8∶00时顿服，7～14天开始，根据炎症的控制情况每5天左右递减5mg，约数周后炎症稳定，可将2天总量改为隔天早晨顿服，不要轻易停药，最后以小剂量维持数月。在巩膜炎的病程中，应用糖皮质激素要慎重，不宜作为首选治疗。假单孢菌感染禁忌糖皮质激素治疗。因为糖皮质激素既作为感染性炎症的抑制剂，也能对巩膜组织产生破坏，长期使用糖皮质激素治疗者应严密监控，并避免突然停药，使炎症复发。如果停用糖皮质激素后复发，或糖皮质激素不能控制坏死性前巩膜炎，需使用免疫抑制剂。

若没有分离出细菌，组织病理学显示微血管炎症，免疫反应可能与早期细菌感染或全身自身免疫性脉管炎有关，在持续应用抗生素的同时，可应用免疫抑制剂。有时也用它作为糖皮质激素的减免剂，使糖皮质激素降低到可接受的水平。常用的有环磷酰胺(cyclophosphamide，CTX)、硫唑嘌呤(azathioprine，AZP)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)等。开始时硫唑嘌呤100mg/d，2周内增至150～200mg/d。免疫抑制剂和糖皮质激素联合应用效果好。可用泼尼松60mg，CTX 100mg联用，逐渐减量至泼尼松7.5mg