单独放疗或局部切除可用于治疗表浅的、分化较好的T1期肛门周围癌，而T2期病变向腹股沟淋巴结转移危险性增加，建议包含腹股沟淋巴结的同步放化疗。
对于放疗并发症以及出现局部复发的患者可手术治疗。
HIV阳性患者接受联合放化疗，生存率与阴性患者并无显著差别，但是有研究指出，HIV阳性患者对于放化疗耐受程度较低。
肛门周围癌如果出现急性危重症症状，应该及时纠正危及生命的指征，必要时急诊手术，切除肿瘤，进行造瘘术。
针对放化疗的肛门周围癌患者，最普遍、最重要的问题是饮食、休息和心理问题，饮食上宜清淡、富有营养、荤素搭配、易消化；注意休息，适当轻体力活动；忌熬夜，必要时可以口服镇静催眠药。尽量做到情绪放松，不要焦虑，保持平和、积极的心态配合放化疗。
肛门周围癌患者如果发生转移，应以姑息放疗控制转移病灶。
非转移性肛门周围癌的治疗方式以联合放化疗为主，主要是丝裂霉素、氟尿嘧啶或丝裂霉素、卡培他滨与放疗同步给予。
盆腔放疗会导致性功能障碍、排便次数增加、直肠紧迫感、泌尿功能障碍等不良反应，许多生存患者反映生存质量严重下降，出现疲乏、呼吸困难、疼痛、失眠等症状。
肛门周围癌病灶可根据临床分期进行局部切除或者放化疗的治疗。
T1、N0高分化的肛缘癌患者可以手术局部切除作为主要治疗手段。切缘充分定义为距离肿瘤1cm。如果切缘不足，再切除是首要治疗选项。同时，联合放化疗是首选的替代治疗。
活检确认存在局部进展的患者，应接受腹会阴联合切除术以及结肠造瘘手术，对确认存在淋巴结转移的患者应进行淋巴结清扫。
肛门周围癌中的基底细胞癌可通过电灼、显微外科手术、外科放射等治疗。
