骨缺损的治疗目标在于重建骨缺损，恢复肢体长度和功能。医生会根据患者的具体情况制定最佳的个性化治疗方案。常用的治疗方法是手术治疗。
感染性骨缺损急性期，局部感染细菌或毒素进入血液，引起全身高热、局部红肿、流脓等症状，积极纠正感染性休克，同时治疗骨缺损处严重骨感染。
肢体骨缺损长度＜1cm时，可直接行肢体短缩，可促进骨折的直接愈合，提高稳定性，不影响患者的正常生活。
自体骨是骨移植的最佳材料，适用于长度小于4~5cm的骨缺损。
可以解决长度＞6cm的骨缺损，具有血运良好、抗感染能力强的优势，需要手术医师具备良好的显微外科技术，容易发生应力性骨折。
应用牵张成骨的原则，适用于多种原因导致的不同长度的骨缺损修复，但牵张成骨速度较慢，长节段骨缺损治疗周期较长，佩戴外固定架不舒适、易钉道感染等情况。
在具有高成骨活性的诱导膜内植骨修复骨缺损。该技术骨愈合所需时间相对较短，与骨缺损长度无关，但是需要通过两次手术完成，需要取骨，可能出现取骨取疼痛、感染等并发症。
可通过组织工程骨技术、3D打印技术解决大段骨缺损的骨源问题。
