可根据外周血白细胞总数、中性粒细胞数、嗜酸性粒细胞数等判断感染的类型，对究竟是细菌感染、病毒感染还是寄生虫感染可有初步判断。
病毒感染者粪便外观多为黄色水样，无脓细胞和红细胞。不同细菌感染后粪便可呈不同性状，如稀水样便、洗肉水样便、脓血便、血便、黏液便等。根据大便的性状可对病因做出初步判断。
粪便培养为确诊证据，但一般培养阳性率低。
乳铁蛋白和粪便钙卫蛋白都是结肠炎性反应的重要指标。
通过检查血液中的抗体判断病原体。
从粪便提取物中检测病原体的DNA，从而确定病原体。
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