肛周湿疹的治疗大多以对症治疗为主。医生会根据肛周湿疹的严重程度，给予外用或口服药物以改善患者症状。同时，医生会积极寻找病因，并指导患者日常中采取相应的措施来避免可能加重病情的因素。
急性期出现红斑、糜烂、渗出时，可以用醋酸铝液、硼酸溶液湿敷，每天2～3次，如果渗出的液体比较多，可连续湿敷。
医生会对患者的工作环境、饮食习惯、嗜好及思想情绪等方面作深入的了解，寻找潜在的病因，并对全身情况进行全面检查，有无慢性病灶、内脏器官疾病及肛门直肠疾病。
不要过度搔抓病变部位，保持病变部位的干燥、减少潮湿，避免进食刺激性的食物等。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
对于亚急性期、慢性期肛周湿疹患者，可选用氧化锌糊、霜剂（如糖皮质激素霜）或添加焦油制剂。
局部外用免疫调节剂钙调磷酸酶抑制剂（如他克莫司软膏、吡美莫司乳膏）有很好效果，可减少糖皮质激素长期应用而引起的不良反应。
常选用组胺类药物来止痒，必要时可两种联合或交替使用，或遵医嘱配服镇静药。因肛周湿疹多在夜间瘙痒剧烈，服药时间可在晚餐后或睡前各服一次。
合并感染时，医生会给予有效的抗生素治疗。
糖皮质激素虽对消炎、止痒及减少渗出的作用较快，停用后很快复发，长期应用容易引起较多的不良反应，因此应慎用。
维生素B族、维生素C以及调节神经功能药物也有帮助。
急性期清热利湿为主，亚急性期以健脾利湿为主，慢性期以养血祛风为主。
