主要需与关节结核和其他非感染性关节炎鉴别。关节结核发病较缓慢、病程长、局部症状和功能障碍不如化脓明显，患病关节骨破坏常呈边缘性小缺损，且常上下对称，有较明显的骨疏松，关节间隙呈缓慢狭窄，骨增生不如化脓严重。晚期骨端可破坏严重，关节半脱位或全脱位，且很少发生骨性强直。
其他非感染性关节炎（如风湿性关节炎、类风湿性关节炎等）以成年人或青年人多见，也大都缺乏急性病程和严重的骨破坏，有关实验室检查可协助鉴别，关节内穿刺抽液检查，可快速作出正确诊断。
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