BBT受多因素干扰，只能作为诊断参考。
一般测定黄体中期血清孕酮水平来反映黄体功能，此时孕酮小于32nmol/L（10ng/ml）提示黄体功能不全。
但由于黄体中期孕激素波动范围大，同一个体90分钟内的水平波动可达8倍之多，而这种大幅度的波动几乎贯穿整个黄体期，所以尽管目前仍在检测孕酮水平，但并没有一个固定的数值可以用来明确诊断。
为最大程度的避免这种波动造成的影响，建议在排卵后第4、6、8天的同一时间点取血，动态观察血孕酮水平，三次平均值＜48nmol/L（15ng/ml）可怀疑有黄体功能不足。
子宫内膜组织学检查能较真实反映雌激素与孕激素的生物效应，是比较可靠的诊断方法。
由于血清中的孕酮水平和子宫内膜的组织学类型之间并没有明确的相关性，故最合理的诊断还是需要依靠子宫内膜的组织学活检。若子宫内膜活检结果提示子宫内膜的组织学发育比预期的正常发育延迟2天以上，则可诊断为黄体功能不全。
但是，大多数人很难准确知道排卵的具体日期，所以根据排卵日期推算的正常的子宫内膜变化就不那么精确了，所以子宫内膜的活检结果并非完全可靠。
动态观察卵泡发育、优势卵泡大小、排卵，以及子宫内膜影像与厚度，了解子宫内膜组织学变化。
