在粪便或者十二指肠引流液中，发现虫卵是诊断华支睾吸虫的直接方法。
粪便检查法需要采集少量粪便，利用沉淀法、漂浮法、淘洗法或醛醚浓缩法处理粪便，收集粪便中的虫卵，在显微镜下进行检测，但是这种方法检测阳性率低，有漏诊和误诊的可能性，因此需要连续三天，每天至少1次进行检测；十二指肠引流液检测阳性率较高，但是较难实施，临床使用较少。
灵敏度和特异度均不高，存在假阳性，因此，主要用于流行病学调查和辅助临床诊断，包括皮内试验、酶联免疫吸附试验等。
白细胞总数和嗜酸性粒细胞增加。
血红蛋白可有轻度下降。
肝脏轻度损伤时，可有轻中度转移酶上升。
重度肝损伤时，γ-谷氨酰基转移酶、碱性磷酸酶上升。
超声、CT或者磁共振成像（MRI）检查可以作为辅助检查手段，急性期可见胆管周围炎或肝脓肿，慢性期可见特征性胆管扩张。
