精神障碍是一类复杂的脑疾病，其发生发展可能与遗传、神经环路与神经发育异常等生物学因素有关，同时还受到环境因素的影响，是生物-心理-社会交互作用的结果。
精神障碍有很高的遗传倾向。
皮质下中脑边缘系统多巴胺（DA）功能亢进，可能与精神分裂症的阳性症状有关；前额叶皮质DA功能降低，可能与精神分裂症阴性症状有关。5-羟色胺功能降低可能导致抑郁障碍、强迫症、广泛性焦虑障碍或进食障碍的发生，而5-羟色胺功能活动增强与躁狂发作有关。
谷氨酸假说认为精神分裂症是由于大脑谷氨酸系统功能紊乱所致。
阿尔茨海默病、精神分裂症、抑郁症等BDNF基因多态性可能存在异常。
患者大脑从一开始就未能正常发育，由于遗传和某些危险因素的相互作用，在胚胎期大脑发育出现某些病理改变，当时症状不显著，进入青春期或成年早期，在外界环境因素的不良刺激下，最终导致疾病的发生。精神分裂症、儿童注意缺陷障碍、孤独症可能为一个疾病谱，发病前，它们可能存在共同的神经发育异常。
感染因素影响中枢神经系统，产生精神障碍。如梅毒螺旋体进入脑内，导致神经梅毒，表现痴呆、精神病性症状及麻痹。
包括应激性生活事件、情绪状态、人格特征、性别、父母的养育方式、社会阶层、社会经济状况、种族、文化宗教背景、人际关系等。
长时间的应激会导致神经症、心身疾病等。应激源主要来源于恋爱、婚姻与家庭问题、学习与工作场所中的人际关系等，以及社会生活中的遭遇如战争、洪水、地震、交通事故、种族歧视，个人某种特殊遭遇如先天/后天缺陷等等。
一个内向、懦弱、回避刺激的人，遇到困难容易悲观丧气，心理应激承受能力较差，易患神经症、心身疾病、酒精与药物滥用等。如表演型人格的人容易患癔症，强迫性格的人易患强迫症，分裂样人格障碍者易患精神分裂症。
来自多个国家的研究结果显示，居住地少数民族人口比例越大，患精神障碍的风险越低。而少数民族身份增加精神障碍患病风险，可能与长期的社会逆境和社会歧视有关。
尽管城市居民拥有更好的营养、卫生和医疗等条件，但同样也面临更大的社会应激、贫富不均造成的心理负担及患慢性疾病的高风险等。数据显示，城市化环境使精神障碍发病率升高近2倍。
儿童期创伤指一系列严重的负性事件，包括性虐待、躯体虐待、情感虐待和忽视等可能增加成年期抑郁障碍、人格障碍、自杀、创伤后应激障碍和物质依赖等的发病风险。
某项研究显示：δ-9-四氢大麻酚在健康志愿者中可以引起短暂的精神症状和认知功能损害，有遗传风险的个体表现出更为显著的精神病性反应。此外，青少年早期的大麻暴露者具有较高的精神障碍发病风险。
引起精神障碍的诱发因素还包括：
