急性脊髓炎需与下列疾病鉴别。
脊髓前动脉闭塞综合征病变水平相应部位出现根痛，短时间内发生截瘫、痛温觉缺失、尿便障碍，但深感觉保留符合脊髓前2/3结构受累。硬膜动静脉瘘可见脊髓表面迂曲的血管流空影像。
脊髓出血临床少见，多由外伤或脊髓血管畸形引起，起病急骤并伴有剧烈背痛，患者有肢体瘫痪和便潴留，可见血性脑脊液，磁共振成像（MRI）检查有助于诊断。
骨折和椎间盘突出压迫脊髓时磁共振成像（MRI）和CT检查容易发现，磁共振成像（MRI）检查可见压迫性髓内缺血表现。
硬膜外脓肿可突然起病，常伴有发热、神经根性疼痛、脊柱痛和脊膜刺激症状，外周血白细胞增高，CSF中细胞增高、蛋白含量明显增加，可伴有椎管梗阻，CT、磁共振成像（MRI）检查有助于诊断。
脊柱结核的病变框体发生塌陷或椎旁寒性脓肿形成，其可压迫脊髓出现急性横贯性脊髓损害，可伴有结核中毒症状，脊柱可见后凸成角畸形，并有叩痛，脊柱CT或磁共振成像（MRI）检查可见椎体破坏、椎间隙变窄、椎体旁脓肿等改变，有助鉴别。
转移癌除脊柱CT、磁共振成像（MRI）检查外可做全身骨扫描或PET-CT检查。
需要完善病因学检查，但通常较特发性ATM范围局限，发病也相对较慢。
