良性甲状腺瘤的治疗根据病情而定，一些引起严重甲亢或有恶变风险的情况，可考虑病侧甲状腺腺叶或部分切除。
恶性甲状腺肿瘤的治疗以手术为主，部分患者术后需要辅助药物治疗。此外，对患者进行健康教育和心理指导也是疾病治疗的一部分内容 。
囊性甲状腺腺瘤可能会出现囊内出血，造成甲状腺结节迅速增大，有引起呼吸困难及窒息的可能，酌情应急就医。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
少数用于甲状腺瘤术后患者，代表药物为左甲状腺素片。一方面是由于手术切除了大部分甲状腺组织，用药以维持人体正常的甲状腺激素水平；另一方面，也可以减少肿瘤的复发。
主要适用于除未分化癌和髓样癌之外的分化型甲状腺癌中，由于癌细胞表面存在促甲状腺激素受体，脑垂体分泌的促甲状腺激素会造成癌细胞增殖。
因此，给患者提供高于生理剂量的甲状腺激素，可以抑制促甲状腺激素分泌，减少疾病复发。
当甲状腺癌患者经放射碘治疗或放化疗无效时，肿瘤快速进展危及生命时，采用靶向治疗。
选用的药物可为索拉非尼、乐伐替尼等靶向治疗药物，可直接作用于肿瘤细胞抑制其生长。不良反应包括皮疹、腹泻、血压升高等，对该药物成分过敏的患者禁用。
手术是甲状腺肿瘤的主要的治疗手段，应根据肿瘤的性质、临床表现、症状等决定是否手术及手术方式。常见手术为甲状腺腺叶切除术。
患者在全身麻醉状态下，在颈部前侧沿着皮纹弧形切开约5 cm，分离甲状腺，完全切除甲状腺瘤及患侧腺体。手术中将切除的肿瘤进行病理学检查，确定良恶性。
如果为良性，可只切除瘤体或者一侧甲状腺组织；如果为恶性，应酌情考虑是否需要切除更多甲状腺组织，必要时还需要清扫肿瘤侧的颈部淋巴结。
主要包括呼吸困难、出血、喉返神经损伤、甲状旁腺损伤。为预防并发症，应充分做好术前准备工作，术中使用神经监测设备，术后监测甲状腺激素水平和血钙浓度。
甲状腺腺瘤为良性肿瘤，手术治疗即可痊愈。甲状腺癌除手术外，分化型甲状腺瘤还可辅以放射性碘及内分泌治疗，未分化癌可采取放射外照射治疗（外放射治疗）。
主要适用于分化型甲状腺癌的患者，如果患者有远处转移、多发肿瘤等时，医生会建议患者进行放射性核素治疗。患者在治疗期间应该避免接触孕妇和儿童，治疗结束后3~6个月进行复查。
主要针对甲状腺癌中的未分化型甲状腺癌。用于未分化型甲状腺癌患者局部治疗，或术后有残留及远处有孤立性转移灶。应该遵医嘱，及时进行放疗，以有效控制局部复发。
这是一种利用患者自身的免疫系统来对抗恶性肿瘤的治疗方式，使用药物增强、恢复人体对恶性肿瘤的天然防御能力，属于生物疗法的范畴。
免疫治疗是近年来肿瘤治疗领域的新方向，分为细胞免疫疗法、抗体药物阻断异常免疫检查点疗法、肿瘤治疗性疫苗三种，目前对甲状腺肿瘤的免疫治疗还在研究中。
