常见的两种蓝痣与一些良恶性肿瘤有临床特点的相似性，具体鉴别如下。
色素痣为单发或多发的丘疹、结节，多为圆形，可为棕色、褐色、蓝黑色，边界清楚，临床特点与蓝痣相似，但色素痣无蓝色表现，病理表现为巢状的痣细胞，边界清楚，可位于表皮、真皮交界处，真皮，或两处均有。
丘疹型血管角皮瘤通常单发，后期表现为蓝色、黑色的丘疹或结节，下肢较多，与普通蓝痣有相似处，但丘疹型血管角皮瘤早期为鲜红色，质地软，后期变硬。
病理特点为陈旧性的损害表现为角质层角化过度，扩张的毛细血管被表皮嵴包绕，部分可见真皮中部血管扩张。
四肢伸侧多见的丘疹或结节，边界清楚，直径1~2cm，生长缓慢，应与普通蓝痣鉴别，皮肤纤维瘤颜色为黄褐色，质地较硬，病理表现为表皮明显增生，棘层肥厚，皮突延长，可见结节位于真皮中下部，由成束的成纤维细胞、组织细胞和成熟或幼稚的胶原纤维组织交织而成，偶见有丝分裂相。免疫组化HMB45阳性。
表现为面部青色的斑片，出生时发病多见，与细胞蓝痣有相似性，但太田痣一般面积较大，颜色不均，界限不清，不突出于皮面，可能伴随眼部损害，少数患者存在脉络膜和脑部恶性黑素瘤。
起源于细胞蓝痣的恶性黑痣需与细胞蓝痣鉴别。
恶性黑素瘤可表现为蓝色、蓝黑色结节，可发生于肢端，面部等，类似蓝痣，但恶性黑素瘤通常生长较快，边界不清，颜色不均，皮损不对称，直径多大于5mm，有浸润感，容易破溃、出血，有溃疡，组织病理学显示异型性，大小形态不一的异常黑素瘤细胞巢和单个黑素瘤细胞，有核分裂像。
