医生通常通过流行病学史、患者症状及病原学检查结果进行诊断。
有流行病学史（发病前7天内在无有效个人防护的情况下与疑似或确认的流感患者有密切接触，或属于流感样病例聚集发病者之一，或有明确的传染他人的证据）、有典型的流感症状表现，同时排除了其他可引发类似表现的疾病。
有流感临床表现，具有以下一种或一种以上检测结果阳性即可确诊流感：
需要与其他有“流感样症状”的疾病进行鉴别，从患者表现来看很难区别这些疾病，应该由专业医生通过进一步血液检查、影像学检查、病原学检查等做出判断。
普通感冒传染性弱，病情较轻，以喷嚏、流涕等为主要表现；普通感冒的流感病原学检测阴性，或可找到相应的感染病原证据。
包括急性咽炎、扁桃体炎、鼻炎和鼻窦炎。感染与症状主要限于相应部位，局部分泌物流感病原学检查阴性。
流感有咳嗽症状或合并气管-支气管炎时，需与急性气管-支气管炎相鉴别；合并肺炎时需要与其他肺炎，包括细菌性肺炎、衣原体肺炎、支原体肺炎、病毒性肺炎、真菌性肺炎、肺结核等相鉴别。根据临床特征可作出初步判断，病原学检查可资确诊。
新冠肺炎轻型、普通型可表现为发热、干咳、咽痛等与流感相似的症状；新冠肺炎重型、危重型同样与流感重型、危重型症状类似。
需结合流行病学史与病原学检查进行鉴别。
