淋菌性眼部感染由于病情险恶，发展迅速，应高度警惕，认真处理。一般细菌性结膜炎以局部抗生素治疗为主，而淋菌性感染则需全身应用抗生素合并局部用药以控制，避免并发症。
1.全身治疗
新生儿可用水剂青霉素G，静脉注射；对耐药者给予头孢三嗪，肌肉或静脉给药。也可采用其他第3代头孢菌素或壮观霉素等。其他如氨苄青霉素、先锋霉素Ⅱ、红霉素、强力霉素、卡那霉素及磺胺制剂也可选用。有角膜病变者，宜用头孢三嗪。静脉滴注或壮观霉素肌注。成人用水剂普鲁卡因青霉素G肌肉注射，注射前1小时服羧苯磺胺，注射后继续减量口服；或用水剂青霉素G静注，或长效青霉素肌注。对青霉素耐药及青霉素过敏者，可肌注头孢三嗪或壮观霉素。
2.局部治疗
用温盐水彻底冲洗结膜囊，开始每5～10分钟1次，逐渐减为15、30分钟1次，直至分泌物消失。也可滴用0.25%氯霉素、0.1%利福平或杆菌肽等眼药水。红霉素、庆大霉素、四环素或杆菌肽眼膏每日睡前涂眼。角膜病变时，用阿托品散瞳。角膜溃疡穿孔时，在抗生素治疗下，行穿透性角膜移植或巩膜移植。
对患者或患儿父母应进行生殖泌尿系等检查及治疗。
