湄公血吸虫病应与伤寒、阿米巴病、粟粒性结核、病毒性肝炎、痢疾、门脉性及坏死后肝硬化相鉴别。
急性血吸虫病有误诊为伤寒、阿米巴肝脓肿、粟粒性结核等。急性血吸虫病血象中嗜酸性粒细胞显著增多是与上述疾病鉴别的重要依据。
慢性血吸虫病肝脾肿大型应与无黄疸型病毒性肝炎鉴别。后者食欲减退、乏力、肝区疼痛与肝功能减损均较明显。病毒性肝炎做血清检查可有病毒抗原阳性。
病原学检查易与阿米巴原虫性痢疾，慢性菌痢鉴别。血吸虫病患者有腹泻、便血者粪便孵化阳性，而且毛蚴数较多。
根据临床症状可以初步鉴别晚期血吸虫病与门脉性及坏死后肝硬化。晚期血吸虫病肝功能损害较轻，黄疸、蜘蛛痣与肝掌较少见，有脾肿大，且有慢性腹泻便血史。但仍需依赖多次病原学与免疫学试验检查才能确切鉴别。
