马内菲青霉病常隐匿发病，潜伏期难以估计，临床上本病分为病灶型与进行播散型：
1.病灶型 原发病灶与真菌入侵门户有关。由于病原主要由呼吸道入侵，因此原发症状主要在肺，临床表现似肺结核，极易误诊。也可无症状或者有症状而被潜在疾病掩盖。
2.进行播散型 临床表现复杂。主要累及肺、肝、肠、淋巴结、扁桃体、皮肤、骨、骨髓、肾和脾等器官。其中尤以肺和肝受累最多且严重。可有典型症状，突然发病，高热、寒战、食欲减退，进行性消瘦，全身淋巴结肿大，肝脾大，咳嗽，心包炎，贫血、白细胞升高及播散性脓肿等。皮肤损害是播散型马内菲青霉病的临床特征，常成为播散型病例首先引起注意的体征。皮损常见于面部、躯干上部及上肢，皮损种类多样，可出现丘疹、斑丘疹、结节、坏死性丘疹、传染性软疣样丘疹、痤疮样损害、毛囊炎及溃疡等。有人认为坏死性丘疹是本病最特征性的表现，隆起于皮肤的丘疹中央发生坏死，坏死处凹陷呈脐窝状。皮损中容易查到马内菲青霉，对临床诊断很有帮助。
本菌的广泛存在及侵犯脏器的多样性，使得诊断非常困难。患者为散发罕见病例，更增加了诊断的难度。杨氏总结以下几点可供诊断时参考：
1.机体免疫功能低下及野外活动接触疫源为病情诊断线索。
2.临床表现 发热、畏寒、咳嗽、咳痰、消瘦乏力、肝和脾及浅淋巴结肿大、皮疹、皮下结节或脓肿等。病情的复杂多样性为其特点之一。
3.白胞显著增多，不同程度的贫血。
4.各种抗生素无效。
5.血清学检验有PM的特异性抗体，血PM免疫扩散试验阳性有助诊断。
6.病理标本可有上述3大特征表现。
7.真菌培养出的PM为双相菌，并要能与荚膜组织胞浆菌鉴别。
