毛发红糠疹根据其特征性表现诊断较容易，一般出现黄红色毛囊角化性丘疹、黄红色鳞屑性斑块、掌跖角化过度等表现可初步诊断，结合组织病理学检查可以进一步确诊。
毛发红糠疹相关症状与银屑病、扁平苔癣、脂溢性皮炎的症状类似，需要进行鉴别诊断，具体如下。
银屑病具有多层银白色鳞屑，而且剥除鳞屑后有点状出血，皮疹不与毛囊一致，掌跖部无改变，而毛发红糠疹可出现掌跖角化过度表现，而且两者在组织学上也不同，银屑病角质层内有Munro微脓肿，角化不全突出，乳头上表皮板变薄，表皮突细长，而毛发红糠疹可出现表皮角化过度，有角质栓，毛囊周围灶性角化不全，由此可以进行鉴别诊断。
扁平苔癣的皮疹为紫红或暗红色有光泽的多角形扁平丘疹，有wickham纹，无毛囊性角质栓，很少累及头面及掌跖部，而毛发红糠疹的皮疹颜色为桔红色或黄色等，有毛囊性角质栓，可以进行鉴别。
脂溢性皮炎的皮损多见于皮脂溢出区，无毛囊性角质丘疹，有渗出倾向。而毛发红糠疹的皮损有毛囊性角化丘疹，颜色为红褐色或橙红色，可以进行鉴别。
