治疗原则同其他革兰阴性杆菌肺炎，选用敏感抗生素，保持呼吸道通畅，纠正呼吸衰竭，保护心、肾、肝及大脑功能，积极治疗原发基础疾病和并发症，加强支持治疗。
1.抗菌药物治疗是摩根菌肺炎治疗的关键。
但近10年来，摩根菌耐药株不断增加。已发现本菌对常用的庆大霉素、妥布霉素、头孢西丁（噻吩甲氧头孢菌素）、羧苄四唑头孢菌素、羧苄西林、替卡西林、多黏菌素及氯霉素均有耐药现象。摩根菌可产生诱导型β-内酰胺酶，且由染色体上一组AmP基因介导，因而耐药性高且广泛。第3代头孢菌素或其酶抑制剂的复合剂型、第4代头孢菌素、碳青霉烯类等抗菌药物均对本菌有强大抗菌活性。常用的药物有：头孢曲松；头孢他啶；头孢哌酮舒巴坦、亚胺培南西司他丁、美罗培南。摩根菌对临床常用的两种氟喹诺酮类抗菌药物，如左旋氧氟沙星和环丙沙星均有较高的耐药性[2]。
2.保持呼吸道通畅，纠正缺氧，保护心、肝、肾及肺功能。
应用扩张支气管药物、祛痰剂，鼓励患者咳嗽、排痰、吸氧、纠正缺氧现象，防止心、肝、肾功能损害。
3.加强原发病和并发症及营养支持治疗。
积极治疗原发病，并发症，加强营养支持治疗，可适当用新鲜血浆，人血白蛋白、人血丙种球蛋白，粒细胞输注，补足患者所需热量。
