该病治疗以清除病因、控制感染为主，通常采用药物治疗的方式进行治疗，如药物治疗效果欠佳，多采用鼻内镜手术清除蝶窦内病变。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
慢性蝶窦炎以药物治疗为主，患者可在医生指导下使用以下药物进行治疗。
具有显著的抗炎、抗水肿作用，对急性和慢性蝶窦炎都有显著疗效。鼻用糖皮质激素安全性和耐受性较好，术前应用可减轻症状，术后应用可减少复发。
抗生素可通过杀菌作用以减轻炎症反应，主要药物包括阿莫西林、阿奇霉素或红霉素等，多以经口用药为主，必要时可静脉给药。
对于伴有过敏性鼻炎的慢性蝶窦炎患者，临床推荐应用第二代口服抗组胺药或鼻用抗组胺药，疗程不少于2周。对于伴有支气管哮喘、阿司匹林耐受不良、嗜酸粒细胞增多的患者，口服抗白三烯药在综合治疗中可发挥积极作用，疗程不少于4周。
此类药物可稀化鼻涕并恢复纤毛清除功能，促进鼻涕排出，多在鼻涕较多或者鼻涕较为浓稠不易排出时使用。
主要是在鼻塞、脓涕多时使用，有利于鼻腔通气和引流，但要注意不能长期使用，一般不超过7天。
慢性蝶窦炎患者在药物治疗等保守治疗无效后，且头痛、脓涕等症状没有减轻时，或引起球后视神经炎、颅内感染等并发症时，常选择全麻下鼻内镜手术治疗，重建鼻窦通气引流，可有效缓解症状和帮助炎症消退。术后应配合鼻腔冲洗、抗生素、抗组胺药和抗白三烯药、黏液促排剂及鼻用糖皮质激素喷剂进行辅助治疗。
该疾病的中医治疗暂无循证医学证据支持，但一些中医治疗方法或药物可缓解症状，建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
鼻腔冲洗：使用生理盐水冲洗鼻腔，以达到清除鼻腔黏液，保护鼻黏膜的目的。
