对于浅表感染，常用治疗方法为将毛发剃光，或每天擦洗毛发，用手刮去结节。可在剃除毛发后再用一些抗真菌剂，如0.05%氯化汞、6%水杨酸（柳酸）、12%苯甲酸、3%硫磺或2%甲醛溶液（福尔马林）。亦可用含酮康唑和二硫化硒的药液洗涤病发处。

由于大多数系统感染患者均有严重的原发病和免疫抑制，因而，侵袭性感染的治疗较为困难。治愈的患者多为无中性粒细胞减少、或中性粒细胞减少迅速恢复的患者。

在人血清中，两性霉素B的浓度可以抑制毛孢子菌，但不能杀灭。因此，两性霉素B不适于治疗合并中性粒细胞减少的毛孢子菌病的患者。氟康唑、伊曲康唑、咪康唑的体外活性与两性霉素B相似。氟胞嘧啶可与两性霉素B协同作用，动物实验表明其效率优于单用两性霉素B。推荐的治疗方法为在肾功正常的情况下，两性霉素B联合或不联合氟胞嘧啶；以氟胞嘧啶作为替代疗法或与两性霉素B联合。在抗真菌治疗的同时，应重视改善患者的免疫抑制状况。刺激细胞因子以提高中性粒细胞计数，降低皮质类固醇激素和免疫抑制剂的用量。一些真菌血症患者，可拔除静脉插管。对于恢复良好的患者，特别是心内膜炎和中枢神经系统累及者，应维持长期抗真菌治疗，较为简便的方法是口服氟康唑。一些患者虽然恢复，并在停止抗真菌治疗后病情稳定，但一旦出现新的免疫抑制因素（如长期的化疗或抗排斥反应治疗）时，应继续给予系统性抗真菌治疗。