1.致性功能障碍

从心理上来说,女性生殖器畸形的发生和复发会造成病人思想负担过重，而出现心理障碍害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性交往、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。

2.影响优生优育

女性生殖器畸形还影响优生优育，可能会引起子宫内感染和新生儿疱疹感染，导致流产、死产、新生儿死亡或发生严重后遗症。约半数以上的新生儿疱疹患者会死亡或遗留中枢神经系统的后遗症。

3.沉重的心理负担。

女性生殖器畸形由于病情反复发作，又无特效药物控制，加之难以忍受连药物亦无法制止的烧灼样局部疼痛，常常使患者产生沉重的心理负担。原发或复发生生殖器疱疹可伴有排尿困难、急性尿潴留、脑炎、子宫内膜炎。

女性如果生殖器官发育畸形，常见的有双子宫，双角子宫，单角子宫，双阴道，阴道纵隔，阴道横隔等等，就比较容易发生不孕症。

生殖器官畸形的女性妊娠后，往往因早期孕卵着床不良，导致早期流产，习惯性流产。也有的因子宫肌发育不良，随着妊娠月期的增加，子宫肌张力差，对胎儿形成压力，造成中期妊娠的流产或早产。

到妊娠后期，由于子宫腔内容积较正常子宫小，常常容易发生胎位不正，如横位，臀位等异常胎位，分娩的时候容易发生难产或产后出血。