脑血吸虫病药物治疗首选吡喹酮，必要时可选外科手术治疗。普通门诊药物治疗患者，注意隔离，避免交叉感染。
急性脑血吸虫病患者较少见。多在感染数周发病，主要为中毒反应与变态反应，应积极进行对症和病原学治疗。
针对脑水肿、颅内高压表现者应以甘露醇脱水治疗；癫痫发作者，应用抗癫痫治疗，以控制发作；出现急性脑炎、脑脊髓炎症状者，应予以抗感染治疗。针对可能出现肝功能损害，有必要进行护肝治疗。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
药物治疗首选吡喹酮，对人类的三种血吸虫(日本、埃及和曼氏血吸虫)感染都有效，具有高效、低毒、不良反应轻等优点。
硝硫氰胺是近年来新合成的抗血吸虫药，可部分通过血脑屏障进人脑组织，达到治疗效果。
癫痫可给予抗癫痫药物。若有蛛网膜下腔阻塞时常需用糖皮质激素和椎板切除减压术治疗。
当病情进入慢性期，抗血吸虫治疗效果较差，或在保守治疗过程中出现颅高压危象等，须行手术治疗，切除肉芽肿组织。
对脑部炎症水肿反应，造成急性颅内压增高，有脑脊液循环阻塞，或脑疝形成而脱水剂疗效不能持续或无效时，根据患者情况可施行一侧或双侧颞肌减压术或脑室-腹腔引流术。
部分患者因长时间误诊，迁延多年，给予驱虫等综合治疗大多无效，则需改选手术治疗。
对血吸虫的治疗，中医尚无统一论点。中医学一部分人认为，脑血吸虫病是由于血吸虫卵或代谢产物的异位沉集，阻塞脉道，导致气血瘀滞，脉络不通，因此应以活血散结、祛风通络为其治法。
另外，有学者认为，在西药治疗的同时以中药调理比单一西药治疗更能祛邪扶正、补中升正、通瘀滞、化湿、利水, 纠正电解质紊乱, 增强体质，使患者存活率大大提高。但是，中药调理对晚期血吸虫患者的生命延长作用值得进一步研究。养结果决定是否停药。用药期间要注意药物的副作用，并调整全身情况，增强机体抵抗力，消除引起真菌感染的原因，这样才易于提高治疗效果。
