该病治疗以手术治疗作为最常用的治疗方式，部分情况下也可使用碘酊治疗。
手术是本病最常用的治疗方法。
在局部麻醉下，纵向切开黏膜。在黏膜下和囊壁外面分离囊壁，取出囊肿。
和囊肿相连的腺体应当一并被切除，以防止复发。
反复损伤的囊肿可形成瘢痕，应当将瘢痕、囊肿和周围组织一并切除，并直接缝合。
舌下腺囊肿的根治方式是舌下腺切除术。
成人采用局部麻醉，儿童采用全身麻醉。从口内做切口切除舌下腺。术后1~2天抽取引流条，7天拆线。
对于全身情况不能耐受舌下腺切除的患者及婴儿，可作简单的成形性囊肿切开术，即袋形缝合术，切除覆盖囊肿的部分黏膜和囊壁，放尽液体，填入碘仿纱条。待全身情况好转或婴儿长至4~5岁后再行舌下腺切除术。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
小唾液腺囊肿可在囊液抽尽后，向囊腔中注入2％碘酊0.2~0.5ml，停留2~3分钟后将碘酊抽出，可阻止囊腔形成。
