目前难治性癫痫的主要治疗方法有多种抗癫痫药物联合治疗，物理疗法和手术治疗。

1.抗癫痫药物治疗

尽管目前有多种针对癫痫的治疗方法，但抗癫痫药物仍是治疗癫痫最主要的方法，对难治性癫痫也不例外。近年来随着新型AEDS的不断问世为难治性癫痫的治疗提供了更多的选择。应用药物就要考虑药物的选择问题。针对抗癫痫药物的选择问题，临床应用须考虑的因素有：①癫痫发作和癫痫综合征的类型；②加剧发作或诱发新类型发作的可能性；③性别；④年龄；⑤合并症和合并用药；⑥滴定率；⑦不良反应；⑧药物相互作用；⑨用药的组成及剂量量表是否方便应用；⑩花费。当然首要问题要考虑癫痫发作和癫痫综合征的类型。

2.物理疗法

随着对难治性癫痫研究的深入，一些新的治疗方法逐渐被发现，近年来，癫痫电刺激治疗成为研究的热点。癫痫电刺激治疗可分为周围神经电刺激和脑部电刺激。周围神经电刺激主要是指迷走神经刺激术；脑部电刺激包括小脑电刺激、大脑深部核团电刺激和致痫灶的刺激等等。最引人注目的是上个世纪末诞生的经颅磁刺激治疗，该项技术可能成为无创的癫痫治疗技术之一。

3.手术治疗

目前，外科手术已成为难治性癫痫的一种重要的治疗手段。然而，并非所有的难治性癫痫患者都适合手术治疗，手术治疗有其严格的适应症和禁忌症。其适应症有：①频发癫病影响患者正常生活和工作，经正规和充分药物治疗无效或不能耐受药物毒副作用者。正规和充分用药指在医生指导下、监测药物血浓度、经2～3年（外伤性癫痫续5年）用药和观察。②局灶性癫痫经辅助检查证实脑部有局限性致痫灶，部位恒定而且可以手术。③继发性癫痫的病灶可以手术切除者。④无恒定致痫灶的顽固性癫痫，毁损癫痫的传播途径可使发作减轻、减少。其禁忌症有：①原发性癫痫不严重影响工作、学习、生活者；②有严重的内科疾病或神经系统疾病，并有严重的行为障碍，如严重的糖尿病、心肾疾病、脑萎缩等；③有严重的精神病或智能障碍，智商低于70者；④病灶对侧大脑半球记忆功能障碍。