必要时医生会从切取部分囊肿组织，然后在显微镜下观察，有助于明确诊断，不同类型的皮肤囊肿组织病理学表现不同。
囊壁由复层鳞状上皮构成，类似于皮肤表面或毛囊漏斗部的构成情况。囊腔内充满了薄层状角质物质，如果囊肿破裂，内容物释放到真皮内引起异物炎性肉芽肿反应，从而可能导致角蛋白肉芽肿形成。
囊壁由数层复层鳞状上皮组织，中央为角质物质，与表皮样囊肿相似。
囊壁为复层鳞状上皮细胞，且有骤然的角化而没有颗粒层，囊内容物为均质的是酸性物质，常显示有钙化灶。
真皮层中部存在囊性结构，衬有鳞状上皮，囊内含有层状角质物质和许多毳毛。
囊肿位于真皮，衬有复层鳞状上皮薄壁并有小皮脂腺小叶和皮脂。
由复层鳞状上皮构成囊壁，囊内有其他正常皮肤结构如毛发、皮脂腺小叶等。
真皮上部可见局限或境界不清、大小不等的囊肿，腔内含黏液性基质，因含大量透明质酸，故对阿新蓝和胶样铁染色均呈阳性反应。在无定形黏液基质中散在分布梭形或星芒状成纤维细胞，通常无炎症改变。
表皮可见角化过度、棘层肥厚、甚至溃疡和萎缩等继发性改变。
