寄生虫脾囊肿以中青年多见，非寄生虫性脾囊肿以青少年多见;小的囊肿可无临床症状，常在体检B超时发现，但囊肿块增大压迫和刺激邻近脏器时，才产生器官受压症状，以左上腹不适或隐痛最多见，有时亦可累及脐周或放射至右肩及左腰背部;如果压迫胃肠道，可有腹胀或消化不良、便秘等。
脾囊肿的诊断常常依赖于影像学检查。脾包虫性囊肿主要发生在我国北方牧区，依据病史及实验室检查、临床诊断通常并不困难。
脾脏表皮样囊肿患者大多无临床症状，常因健康体检或在其他疾病进行检查时偶然发现。少数患者就诊时发现腹部肿块，触之紧张，可有痛感，略有弹性，可活动，吸气时也可移位。B超、CT或选择性脾动脉造影等均能较正确的协助诊断,但有时需要剖腹探查证实。
