妊娠合并卵巢恶性肿瘤的处理与非妊娠者在原则上并无分别，一旦确定或怀疑为恶性卵巢肿瘤，应尽早施行手术，而不必顾及妊娠的时期。手术时首要的是确定肿瘤的期别，应做冷冻切片的组织学检查，确定肿瘤的病理诊断和类别。所有的妊娠合并卵巢恶性肿瘤均应接受化疗。早期肿瘤仅做单侧附件切除者，可在足月分娩后第6周开始，进行化疗；经做全子宫双侧附件切除的患者，应在术后5～10天即开始化疗。对于原发于胃、结肠、肝或乳腺等部位的卵巢转移性癌的处理，可因人而异。
化学药物治疗，为主要的辅助治疗。因卵巢恶性肿瘤对化疗较敏感，即使已广泛转移也能取得一定疗效。既可用于预防复发，也可用于术后有残留癌灶者。暂时无法施行手术的晚期患者，化疗也可使肿瘤减缓生长或缩小，为以后手术创造条件。
常用药物有铂类：顺铂和卡铂。烷化剂：环磷酰胺、异磷酰胺（异环磷酰胺）、塞替哌和苯丙氨酸氮芥等。抗代谢类：氟尿嘧啶。抗瘤抗生素类：放线菌素D、平阳霉素等。抗肿瘤植物成分类：长春新碱、紫杉醇等。近年来多为联合应用，并以铂类药物为主药。
对卵巢良性肿瘤，除疑为卵巢瘤样病变可行短期观察外，一经确诊，应手术治疗。根据患者年龄、生育要求及对侧卵巢情况决定手术范围。
