为生理性卵巢囊肿，滤泡囊肿和黄体囊肿最常见。多为单侧，直径≤5cm，壁薄，暂行观察或口服避孕药2~3个月，可自行消失。如果肿块持续存在或增大，病理性卵巢囊肿的可能性大。
盆腔积液为炎性，常有盆腔炎性疾病病史。患者两侧附件区有不规则条形囊性包块，边界较清，活动受限。
浆膜下子宫肌瘤及子宫肌瘤囊性变易与卵巢成熟畸胎瘤相混淆。鉴别要点为子宫肌瘤与子宫相连，检查时随宫体及宫颈移动。超声检查可协助鉴别。
妊娠早期或中期时，子宫增大变软，峡部更软，妇科检查时宫体与宫颈似不相连，易将宫体误认为卵巢成熟畸胎瘤。但妊娠妇女有停经史，人绒毛膜促性腺激素（hCG）测定或超声检查即可鉴别。
腹腔积液常有肝、心脏、肾病史，平卧时腹部两侧突出如蛙腹，叩诊腹部中间鼓音，腹部两侧浊音，移动性浊音阳性。而巨大卵巢成熟畸胎瘤平卧时腹部中间可隆起，叩诊浊音，腹部两侧鼓音，无移动性浊音。超声检查有助于鉴别。
子宫内膜异位症可有粘连性肿块及直肠子宫陷凹结节，有时与卵巢未成熟畸胎瘤相混淆。前者常有进行性痛经、月经改变，超声检查、腹腔镜检查是有效的辅助诊断方法。
因常合并腹水和盆腹腔内粘连性肿块而与卵巢未成熟畸胎瘤相混淆。
但结核性腹膜炎多发生于年轻、不孕妇女，伴月经稀少或闭经、乏力、低热、盗汗等全身症状；妇科检查肿块位置较高，形状不规则，界限不清，不活动；叩诊时鼓音和浊音分界不清。X线胸片检查、结核菌素试验等可协助诊断，必要时可行剖腹探查或腹腔镜检查取活检确诊。
需与腹膜后肿瘤、直肠癌、乙状结肠癌、直肠癌等鉴别。腹膜后肿瘤固定不动，位置低者使子宫、直肠或输尿管移位；直肠癌和乙状结肠癌多有相应的消化道症状；B型超声检查、钡剂灌肠、乙状结肠镜检等有助于鉴别。
为双侧性、中等大、肾形、活动的实性肿块，有消化道癌、乳癌病史者，要考虑转移性卵巢肿瘤的诊断。
若患者有消化道症状应进行胃镜检查，此外要排除其他可能的原发肿瘤。但多数病例无原发性肿瘤病史，术前应做胃镜、结肠镜检查，多可发现原发病灶；如未发现原发性肿瘤病灶，必要时可做剖腹探查。
有流产或产褥感染病史，常有发热及下腹痛，妇科检查附件区有肿物及组织增厚、压痛、片状肿物达盆壁，用抗生素治疗后症状缓解，肿物缩小。B型超声检查有助于鉴别。
