本病尚无明确诊断标准，症状也无特异性，故目前多采用内镜下所见病灶的外观及病理检查作为诊断依据。当内镜下观察到食管黏膜出现似白色黏附物的白色“鳞状”或“羽毛状”边界清楚的扁平隆起时，即可初步诊断为食管白斑。后续对病灶取样后通过病理检查，可进一步确诊该病，并和其他疾病进行鉴别。
中晚期食管癌所表现出的症状，如进食梗阻感、吞咽困难、反酸等，均与食管白斑类似，然而食管癌在胃镜下多表现为病灶表面糜烂、溃疡、出血，且形态多样，而食管白斑边界清楚，病灶表面也无以上情况，故医生易于鉴别。
食管良性肿瘤同样会有与食管白斑相似的症状，该病在胃镜下表现为椭圆形、生姜形或螺旋形的肿块，表面光滑，同样易于鉴别。
该病较为少见，其胃镜下外观与食管白斑类似，需医生通过碘染色、病理等专业手段进行鉴别。
该病是一种极为少见的常染色体显性遗传病，其食管也可出现白色斑块样改变，但该病同时会伴发多种全身症状，医生可由此进行专业的鉴别。
